Détection des microorganismes d’altération

Porteur(s) : Université de Bourgogne

Responsable(s) scientifique(s) : Hervé Alexandre (UMR PAM, Équipe Valmis)

Coût total 2014 : 18 500 €

Financeur(s) : Conseil Régional de Bourgogne ; Bureau Interprofessionnel des Vins de Bourgogne

Présentation

L’analyse microbiologique n’a pas suivi ces dernières années l’essor de l’analyse physico-chimique dans les laboratoires d’oenologie. La microbiologie est pourtant à la base de l’oenologie et le contrôle des populations présentes au cours de la vinification et de l’élevage est un élément clé de la maîtrise des fermentations. Et, si l’on considère les micro-organismes indésirables, ce suivi peut avoir une incidence directe sur la qualité finale du vin.

Le contrôle qualité en microbiologie durant la vinification, le suivi des fermentations malolactiques et le contrôle des starters nécessite des techniques microbiologiques rapides qui permettent l’identification et la quantification des microorganismes du vin. Aujourd’hui il n’existe pas de techniques rapides, peu coûteuses de quantification et d’identification des levures et bactéries du vin. Dans ce contexte, l’utilisation de la cytométrie de flux apparaît comme une technique de choix pour démocratiser le contrôle microbiologique dans les moûts et les vins. En effet, ces dernières années des applications oenologiques ont vu le jour en cytométrie de flux pour le dénombrement et l’identification des microorganismes (Gerbaux et al.,2009; Serpaggi et al., 2010).

L’IFV et l’IUVV ont développé la cytométrie de flux pour le suivi des levures en général et celles d’altération, Brettanomyces, en particulier. La méthode est aujourd’hui transférée dans la pratique. Elle permet un dénombrement des levures vivantes en moins de 15 min pour la méthode IFV et 72h pour la méthode cytométrie-FISH, (contre 2 à 8 jours pour les levures selon les espèces avec les méthodes classiques), pour un coût restant modéré par rapport aux techniques de biologie moléculaire comme la PCR quantitative.

Une demande forte est aujourd’hui exprimée pour appliquer la cytométrie de flux aux bactéries lactiques du vin. Cette application est possible puisque la cytométrie de flux est déjà utilisée pour certaines bactéries. Par contre, la spécificité des bactéries lactiques du vin et la complexité du milieu, notamment en termes de diversité et taille de particules présentes impose un important travail de développement. Les premiers travaux déjà réalisés, non concluants le démontrent.

Le dénombrement des bactéries lactiques par cytométrie de flux serait un nouvel outil analytique intéressant à deux niveaux. La recherche et la R&D réalisent de nombreux comptages de bactéries lactiques pour divers travaux, pour la mise au point des biomasses ou pour le contrôle qualité de ces biomasses. La technique de référence reste la boite de Pétri avec un délai de l’ordre d’une semaine pour les bactéries lactiques. Le comptage au microscope en épifluorescence reste fastidieux et imprécis. La cytométrie de flux est donc très attendue à ce niveau. Le second niveau est le suivi oenologique. Comme exposé précédemment, une méthode cytométrique est aujourd’hui proposée pour le dénombrement des levures vivantes. Les laboratoires d’analyses concernés expriment clairement le souhait de disposer aussi d’une méthode pour le dénombrement des bactéries lactiques et acétiques. Une meilleure maîtrise de la FML serait alors possible, ainsi qu’une meilleure maîtrise de la stabilisation des vins après celle-ci.